Diagrammes de Venn avec R? [fermé]

liste des paquets du diagramme de Venn:

• bvenn

• colorfulVennPlot

• eVenn
• VennDiagram
• Venneuler
• Vennerable: R-Forge, GitHub
• eulerr

Il y a Vennerable paquet sur la R-forge.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

la fonction venn dans le paquet gplots est également utile si vous avez besoin de créer le diagramme de Venn des ensembles 4/5.

j'utilise deux fonctions personnalisées que pour l'astuce. Mon implémentation de venndia trace le diagramme de venn et retourne les listes de chevauchements entre A et B (et C). Voir le code ci-dessous.

Avec ces, vous pouvez

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE)

qui va à la fois tracer et retourner les données. vous pouvez désactiver renvoyer les données en faisant

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20])

depuis getdata est FALSE par défaut. /Daniel

circle <- function(x, y, r, ...) {
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100)
    xx <- x + r * cos(ang)
    yy <- y + r * sin(ang)
    polygon(xx, yy, ...)
}

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){
    cMissing <- missing(C)
    if(cMissing){ C <- c() }

    unionAB <- union(A, B)
    unionAC <- union(A, C)
    unionBC <- union(B, C)
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC)
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC)
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB)
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C)
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B)
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A)
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C))

    nA <- length(uniqueA)   
    nB <- length(uniqueB)
    nC <- length(uniqueC)

    nAB <- length(intersAB)
    nAC <- length(intersAC)
    nBC <- length(intersBC)

    nABC <- length(intersABC)   

    par(mar=c(2, 2, 0, 0))
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...)
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA)
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA)
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA)

    text( x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90" )

    text(
        x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
        y=c(7, 7, 2  , 7  , 4, 4, 5), 
        c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
        cex=2
    )

    if(getdata){
        list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
            AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
            ABC=intersABC
        )
    }
}

cela arrive très tard mais cela pourrait être utile pour d'autres qui cherchent une réponse: VennDiagram, on CRAN ici.

install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)

mise en œuvre dans le paquet ChIPpeakAnno (version 2.5.12) et permet de jolies intersections des coordonnées génomiques, par exemple, des pics Chip-seq. Pour les adoptants précoces vous pourriez avoir besoin d'installer le programme de développement.

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704),
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")),
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f"))

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260),
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470),
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")),
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a"))

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"),
     totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram",
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"))

Voici une référence à une autre version pour les données à 3 variables: http://elliotnoma.wordpress.com/2011/02/09/venn-diagram/

le code est également disponible dans l'emballage colorfulVennPlot: http://cran.r-project.org/web/packages/colorfulVennPlot/index.html

je recommande le paquet VennDiagram: http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

sur pake 19 vous trouverez 10 pakes de très bons exemples (à la fois avancés et simplifiés). Jusqu'à présent, je n'ai rien trouvé qu'il ne peut pas faire que j'ai besoin de faire.