Outils pour la fabrication de tables en latex en R [fermé]

j'aimerais ajouter une mention du paquet" brew". Vous pouvez écrire un fichier de template de brew qui serait LaTeX avec des placeholders, et ensuite "brew" il jusqu'à créer un .fichier tex \inclure ou \entrée dans votre LaTeX. Quelque chose comme:

\begin{tabular}{l l}
A & <%= fit$A %> \
B & <%= fit$B %> \
\end{tabular}

la syntaxe brew peut également gérer les boucles, vous pouvez donc créer une rangée de table pour chaque rangée d'une dataframe.

remercie Joris d'avoir créé cette question. Avec un peu de chance, il sera transformé en wiki communautaire.

les paquets booktabs en latex produisent de belles tables. Voici un billet de blog sur la façon d'utiliser xtable à créer des tables en latex qui utilisent des livres

je voudrais aussi ajouter le paquet apsrtable au mélange car il produit de belles tables de régression.

une autre idée: certains de ces paquets (esp. memisc et apsrtable) permettent des extensions faciles du code pour produire des tableaux pour différents objets de régression. Un tel exemple est le code memisc de lme4 indiqué dans la question. Il pourrait être logique de démarrer un dépôt github pour collecter de tels extraits de code, et au fil du temps peut-être même l'ajouter au paquet memisc. Les élèves?

le paquet stargazer est une autre bonne option. Il prend en charge les objets de nombreuses fonctions et paquets couramment utilisés (lm, glm, svyreg, survival, pscl, AER), ainsi que de zelig. En plus des tableaux de régression, il peut également produire des statistiques sommaires pour les bases de données ou produire directement le contenu des bases de données.

j'ai quelques astuces et solutions pour intéressantes "caractéristiques" de xtable et Latex que je vais partager ici.

truc n ° 1: Suppression des doublons dans les colonnes et Truc N° 2: Utilisation D'étiquettes de livres

d'abord, charger les colis et définir ma fonction propre

<<label=first, include=FALSE, echo=FALSE>>= 
    library(xtable)
    library(plyr)

    cleanf <- function(x){     
        oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])  
        # is the value equal to the previous?    
        res <- x
        res[oldx] <- NA
        return(res)} 

maintenant générer de fausses données

data<-data.frame(animal=sample(c("elephant", "dog", "cat", "fish", "snake"), 100,replace=TRUE),
            colour=sample(c("red", "blue", "green", "yellow"), 100,replace=TRUE),
            size=rnorm(100,mean=500, sd=150),
            age=rlnorm(100, meanlog=3, sdlog=0.5))

    #generate a table
    datatable<-ddply(data, .(animal, colour), function(df) {
                return(data.frame(size=mean(df$size), age=mean(df$age)))
            })

maintenant nous pouvons générer une table, et utiliser la fonction clean pour supprimer entrées en double dans les colonnes d'étiquettes.

cleandata<-datatable
cleandata$animal<-cleanf(cleandata$animal)
cleandata$colour<-cleanf(cleandata$colour)
@ 

c'est un xtable normal

<<label=normal, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        datatable
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

il s'agit d'un xtable normal où une fonction personnalisée a transformé les duplicata en NA

<<label=cleandata, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        cleandata
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

ce tableau utilise le paquet booktab (et nécessite un \usepackage{booktabs} dans les en-têtes)

\begin{table}[!h] 
        \centering
        \caption{table using booktabs.}
        \label{tab:mytable}
<<label=booktabs, echo=F,results=tex>>= 
            mat <- xtable(cleandata,digits=rep(2,ncol(cleandata)+1))
            foo<-0:(length(mat$animal))
            bar<-foo[!is.na(mat$animal)]
            print(mat, 
                  sanitize.text.function = function(x){x},
                  floating=FALSE,
                  include.rownames=FALSE,
                  hline.after=NULL, 
                  add.to.row=list(pos=list(-1,bar,nrow(mat)), 
                  command=c("\toprule ", "\midrule ", "\bottomrule ")))
  #could extend this with \cmidrule to have a partial line over
  #a sub category column and \addlinespace to add space before a total row
@ 

deux utilitaires dans le paquet taRifx peuvent être utilisés de concert pour produire des tables à plusieurs rangées de héritarchies imbriquées.

library(datasets)
library(taRifx)
library(xtable)

test.by <- bytable(ChickWeight$weight, list( ChickWeight$Chick, ChickWeight$Diet) )
colnames(test.by) <- c('Diet','Chick','Mean Weight')
print(latex.table.by(test.by), include.rownames = FALSE, include.colnames = TRUE, sanitize.text.function = force)
#   then add \usepackage{multirow} to the preamble of your LaTeX document
#   for longtable support, add ,tabular.environment='longtable' to the print command (plus add in ,floating=FALSE), then \usepackage{longtable} to the LaTeX preamble

... et Astuce # 3 entrées multilignes dans un Xtable

générer plus de données

moredata<-data.frame(Nominal=c(1:5), n=rep(5,5), 
        MeanLinBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        LinCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""),
        MeanQuadBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        QuadCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""))

names(moredata)<-c("Nominal", "n","Linear Model \nBias","Linear \nCI", "Quadratic Model \nBias", "Quadratic \nCI")

maintenant produire notre xtable, en utilisant la fonction d'assainissement pour remplacer les noms de colonne avec les commandes Latex newline correctes (y compris Double backslashes donc R est heureux)

<<label=multilinetable, results=tex, echo=FALSE>>=
foo<-xtable(moredata)
align(foo) <- c( rep('c',3),'p{1.8in}','p{2in}','p{1.8in}','p{2in}' )
print(foo, 
            floating=FALSE, 
            include.rownames=FALSE,
            sanitize.text.function = function(str) {
                str<-gsub("\n","\\", str, fixed=TRUE)

                return(str)
            }, 
            sanitize.colnames.function = function(str) {
                str<-c("Nominal", "n","\centering Linear Model\\ \% Bias","\centering Linear \\ 95\%CI", "\centering Quadratic Model\\ \%Bias", "\centering Quadratic \\ 95\%CI \tabularnewline")
                return(str)
            })
@  

(bien que ce ne soit pas parfait, car nous avons besoin de \ tabularnewline pour que la table soit formatée correctement, et xtable encore met dans un final \, de sorte que nous nous retrouvons avec une ligne vide au-dessous de l'en-tête du tableau.)

vous pouvez également utiliser la fonction latextable du paquet r micsFuncs:

http://cran.r-project.org/web/packages/miscFuncs/index.html

latextable (M) où M est une matrice avec des entrées combinées alphabétiques et numériques Sorties une table de LaTeX de base sur l'écran, qui peut être copié et collé dans un document de LaTeX. Lorsqu'il y a de petits nombres, il remplace également ceux-ci par une notation d'index (par exemple 1.2x10^{-3}).

un autre paquet R pour agréger les modèles de régression multiple dans les tables de LaTeX est texreg .