La condition a une longueur> 1 et seul le premier élément sera utilisé
j'ai un dataframe, voyage:
> head(trip.mutations)
Ref.y Variant.y
1 T C
2 G C
3 A C
4 T C
5 C A
6 G A
je veux ajouter une troisième colonne, mutType, qui suit ces règles:
for (i in 1:nrow(trip)) {
if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A') {
trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
}
else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='G') {
trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
}
else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='A'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='T') {
trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
}
else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='A') {
trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
}
else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='G'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='C') {
trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
}
else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='G') {
trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
}
}
mais j'obtiens l'erreur:
Warning messages:
1: In if (trip$Ref.y == "G" & trip$Variant.y == "T" | trip$Ref.y == ... :
the condition has length > 1 and only the first element will be used
Je ne pense pas que mes déclarations logiques devraient produire des vecteurs, mais peut-être que je manque quelque chose. trip $ mutType devrait finir par ressembler à ceci:
mutType
A:T to G:C
G:C to C:G
A:T to C:G
A:T to G:C
G:C to T:A
G:C to A:T
Est-ce que quelqu'un peut voir ce qui ne va pas ici? Ai-je besoin | de| au lieu de | peut-être?
2 réponses
vous obtenez l'erreur parce que if
ne peut évaluer un logical
vecteur de longueur 1.
Peut-être que vous manquez la différence entre &
(|
et &&
(||
). La version plus courte fonctionne par élément et la version plus longue utilise seulement le premier élément de chaque Vecteur, par exemple:
c(TRUE, TRUE) & c(TRUE, FALSE)
# [1] TRUE FALSE
# c(TRUE, TRUE) && c(TRUE, FALSE)
[1] TRUE
Vous n'avez pas besoin de l' if
déclaration:
mut1 <- trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A'
trip[mut1, "mutType"] <- "G:C to T:A"
Comme sgibb dit que c'était un si problème, il n'avait rien à voir avec | ou ||.
Voici une autre façon de résoudre votre problème:
for (i in 1:nrow(trip)) {
if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='A') {
trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
}
else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='G') {
trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
}
else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='A'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='T') {
trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
}
else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='A') {
trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
}
else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='G'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='C') {
trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
}
else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='G') {
trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
}
}