Sauvegarder plusieurs ggplots de ls dans un seul et même fichier et les séparer dans R
j'ai plusieurs ggplots comme objets sur ma ls. Je veux les enregistrer en tant que fichiers distincts (bien que je serais aussi intéressé de savoir comment les enregistrer sous 1 gros fichier). J'ai lu ceci: question et question mais je n'arrive pas à adapter le code. J'ai aussi essayé de les regrouper en un seul gros fichier comme suggéré ici mais n'obtiens cette erreur: Error in do.call("grid.arrange", plots2[[i]]) : second argument must be a list. Il y a quelque chose que je manque en obtenant tous les gtplots dans une liste.
Ceci est ce que j'ai essayé jusqu'à présent:
> ls() #List of objects on my ls. All the p* are my ggplots that I want to save.
[1] "all" "dat" "dat2" "dat3" "data" "dlook" "dlook2" "dlook3" "i" "look2" "mdfx"
[12] "objects" "order" "p" "p1" "p10" "p11" "p12" "p13" "p14" "p15" "p16"
[23] "p17" "p18" "p19" "p2" "p3" "p4" "p5" "p6" "p7" "p8" "p9"
> objects<-ls()
> plot<-objects[14:30]
> plots
[1] "p1" "p10" "p11" "p12" "p13" "p14" "p15" "p16" "p17" "p18" "p19" "p2" "p3" "p4" "p5" "p6" "p7" "p8" "p9"
> class(plots)
[1] "character"
plots2<-as.list(plots)#Transform into a list.
library(gridExtra) #Code suggested to create one pdf file.
pdf("test.pdf", onefile = TRUE)
for (i in seq(length(plots2))) {
do.call("grid.arrange", plots2[[i]])
}
dev.off()
4 réponses
il est préférable d'avoir votre parcelles dans une liste
l = mget(plots)
alors vous pouvez simplement les imprimer page par page,
pdf("all.pdf")
invisible(lapply(l, print))
dev.off()
ou enregistrer une parcelle de terrain par fichier,
invisible(mapply(ggsave, file=paste0("plot-", names(l), ".pdf"), plot=l))
ou arranger le tout dans une seule page,
ggsave("arrange.pdf", arrangeGrob(grobs = l))
ou organiser 2x2 dans plusieurs pages,
ggsave("arrange2x2.pdf", marrangeGrob(grobs = l, nrow=2, ncol=2))
etc.
(non testé)
Si les parcelles p1,p10, etc. existe déjà, et vous voulez les sauver comme p1.pdf, etc. puis je pense que cela devrait le faire:
lapply(plots,function(x){ggsave(file=paste(x,"pdf",sep="."),get(x))})
ggsave(...) a un certain nombre d'arguments pour spécifier les dimensions et le format du fichier de sortie.
a titre d'exemple reprenant le commentaire de Joran, et un supplément à la réponse de Baptiste, voici comment vous initialiseriez une liste et stockeriez des tracés dans une liste à l'avance:
plots <- list()
plots[[1]] <- ggplot(...) # code for p1
plots[[2]] <- ggplot(...) # code for p2
## Depending on if your plots are scriptable, you could use a loop
for (i in 3:10) {
plots[[i]] <- ggplot(...) # code for plot i
}
alors cette liste,plots correspond à
Lorsqu'on utilise des listes, des crochets simples,[, sont utilisés pour les sous-listes, où vous devez utiliser des doubles crochets [[ pour obtenir l'élément d'une liste. Par exemple, plots[[1]] vous donnera l' ggplot objet qui est le premier élément de plots, mais plots[1] vous donnera une longueur une liste contenant le premier graphe comme élément. Cela peut sembler confus au début, mais cela a du sens, surtout si vous vouliez simplement tracer les trois premières parcelles, alors vous pourriez utiliser myplots[1:3] au lieu de l dans des baptiste exemples. (Voir?"[" pour plus de détails.)
chaque fois que vous vous surprenez à nommer des variables de façon séquentielle avec des nombres, par exemple,x1,x2,x3, c'est une bonne indication que tu devrais utiliser une liste à la place.
Notez que vous n'avez pas à travailler avec lapply. Supposons que vous ayez une liste contenant toutes vos parcelles:
MyPlots = list(plot1, plot2, plot3)
utilisation:
pdf("all.pdf")
MyPlots
dev.off()