readRDS (file) in R

chaque fois que j'essaie D'installer un paquet dans R, j'obtiens l'erreur suivante:

Error in readRDS(file) : unknown input format

cela vient de commencer après que j'ai eu un crash du système. J'exécute 32 bit r 2.13.0 sous windows 7. J'ai essayé de supprimer et ré-installer R, mais l'erreur persiste. Y a-t-il un moyen de corriger cela sans tout supprimer (c'est-à-dire tous les paquets que j'ai installés) et recommencer?

Merci

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demandé sur csgillespie 2011-06-25 01:13:35

9 réponses

ce sont des suggestions que j'ai trouver:

  1. Supprimer .Rhistory et .RData les fichiers dans le répertoire dans lequel vous exécutez R.
  2. Exécuter update.packages()

  3. essayez de détecter les "mauvais fichiers" dans les répertoires de votre bibliothèque. Vous pouvez le faire dans la R

    # List the library paths
# The issue is likely to be in the first directory
paths = .libPaths()

## Try and detect bad files
list.files(paths, 
       pattern = "^00LOCK*|*\.rds$|*\.RDS$",
       full.names = TRUE)

## List files of size 0
l = list.files(paths, full.names = TRUE)
l[sapply(l, file.size) == 0]

    supprimer tous les fichiers / répertoires mis en évidence. Vous pouvez utiliser file.remove() si tu le voulais vraiment.

  4. Supprimer le répertoire dans lequel vous avez stocké vos les paquets téléchargés.

seule la solution 3 a fonctionné pour moi.

Réf:

  • R-sig-liste de diffusion Debian
  • L'Option 3 était une combinaison de réponses fournies par différentes personnes au cours des dernières années, y compris Chunxiao Xu, Larry Hunsicker et Frank Harrell
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répondu csgillespie 2018-06-19 21:47:59

Exécuter find /usr/local/lib/R/site-library/ /usr/lib/R/library/ /usr/lib/R/site-library/ ~/.local/lib/ -iname '*rds' -a -size 0 et puis supprimer les fichiers trouvés.

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répondu Chunxiao Xu 2016-07-06 09:41:52

Chunxiao Xu et la solution de Rando Hinn ci-dessus ont fonctionné pour moi, avec un petit ajustement.

tout d'abord, changez les répertoires dans votre répertoire personnel R package, puis lancez: find-iname '*rds' -a-size 0

supprimer les répertoires contenant des fichiers de 0 longueur dans la liste ci-dessus. Puis réouvrez R (ou RStudio) et réinstallez les paquets supprimés.

vous devriez maintenant pouvoir à nouveau lister les paquets.

la suggestion originale de Chunxiao Xu ci-dessus Tous les répertoires de paquets R. Mais l'emplacement exact de ces répertoires varient d'une installation à, et leurs adresses devront être modifiés pour votre installation.

Larry Hunsicker

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répondu Larry Hunsicker 2016-10-22 09:15:04

quelque Chose de simple à essayer: si c'est un .utilisation du fichier rda load au lieu de readRDS. Vous pouvez ensuite enregistrer le fichier chargé comme une .rds et essayer readRDS encore une fois.

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répondu Scott Worland 2017-04-20 03:23:30

Voici ce que j'avais à faire pour résoudre cette erreur:

  • ouvrez votre Rstudio, allez à l'onglet installer sous paquets
  • notez votre installation sur le chemin de la bibliothèque.(où votre colis sera sauvé)
  • allez dans le chemin de la bibliothèque d'installation.Dur et supprimer les paquets récents
  • vous Rafraîchir plus de détails dans Rstudio
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répondu Edwin Daniel 2018-02-27 20:02:56

cela m'est arrivé après que j'ai dû redémarrer ma machine au milieu de l'installation de plusieurs paquets R. J'ai supprimé les derniers paquets installés en retirant les fichiers dans le répertoire de la bibliothèque, réinstallé, et tout allait bien. Moi aussi j'ai du supprimer un 00LOCK répertoire dans le répertoire de la bibliothèque.

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répondu Frank Harrell 2018-01-12 17:52:38

vous pourriez avoir un problème avec les paquets R. Voyez si le problème s'est produit après l'installation d'un package ou si vous avez copié les paquets.

ce que vous pouvez faire, C'est Copier tous les paquets de la bibliothèque et les sauvegarder quelque part, puis copier certains paquets de la bibliothèque et recommencer le test R et voir comment ça marche vous devez essayer avec tous les paquets un par un . Je possède le même problème et c'était en raison de package de problème.

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répondu Arzoo Singh 2017-08-27 09:26:20

j'ai vérifié pour ce problème sur plusieurs forums et puis j'ai essayé et ça a fonctionné pour moi:

1) supprimer le paquet ggplot2 en premier

remove.packages("ggplot2")

2) Installer le paquet

install.packages("ggplot2")

3) Redémarrez rstudio et installez votre paquet à nouveau, espérons que cela aide

il semble que le problème était avec le paquet requis (ggplot2 dans mon cas) s'est corrompu et entravait l'installation de tout nouveau paquet dépendant.

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répondu Rahul 2017-12-21 10:29:20

j'ai aussi eu plusieurs problèmes pour ouvrir un .Fichier RDS, soit "lecture d'erreur à partir de la connexion" ou "format d'entrée inconnu". J'ai essayé plusieurs versions de R, avec la version 3.4.2. la suite travaillé: (J'ai accidentellement désinstallé rstudio et je l'ai de nouveau installé, j'ai aussi installé la version 3.4.2 de R plus ancienne, Je ne sais pas si cela change quoi que ce soit)

  1. mettre en place un nouveau répertoire de travail
  2. j'ai ouvert le fichier RDS directement au lieu de le télécharger (donc j'ai seulement sauvegardé des fichiers temp), ensuite, j'ai été en mesure de l'ouvrir dans R
  3. Je l'ai déplacé des fichiers temp à mon nouveau répertoire de travail et j'ai utilisé le Data_Essay_Account <- readRDS("C:/.../newdirectory/Data_Essay_Account.RDS") commande et ça a marché.

d'une façon ou d'une autre, le télécharger correctement et ensuite le déplacer ne fonctionnait pas, seulement après que je l'ai eu dans les fichiers temp. Supprimer des paquets difficiles n'a pas fonctionné pour moi car j'ai essayé cela initialement.

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répondu Mery 2018-04-02 01:25:53