R: tracer une série temporelle avec des quantiles en utilisant ggplot2

Est-ce faire ce que vous voulez? Le truc ggplot c'est de comprendre qu'il s'attend à des données en format long. Cela signifie souvent que nous devons transformer les données avant qu'elles ne soient prêtes à tracer, généralement avec melt().

après avoir lu vos données avec textConnection() et la création d'un objet nommé dat, voici les étapes qui vous auriez à prendre:

#Melt into long format 
dat.m <- melt(dat, id.vars = "time")

#Not necessary, but if you want different line types depending on quantile, here's how I'd do it
dat.m <- within(dat.m
  , lty <- ifelse(variable == "quantile.0.5", 1
    , ifelse(variable %in% c("quantile.0.25", "quantile.0.75"),2,3)
    )
)

#plot it
ggplot(dat.m, aes(time, value, group = variable, colour = variable, linetype = lty)) + 
  geom_line() +
  scale_colour_manual(name = "", values = c("red", "blue", "black", "blue", "red"))

vous Donne:

après avoir relu votre question, vous voulez peut-être Rubans grisés en dehors de l'estimation médiane au lieu de lignes? Si oui, donnez ce un tourbillon. Le seul vrai truc ici, c'est que nous passons group = 1 comme esthétique pour que geom_line() se comportera correctement avec les données de facteur / caractère. Auparavant, nous avons regroupé par les variables qui ont le même effet. Notez aussi que nous n'utilisons plus le melted de données.cadre, comme les données de l'ensemble.le cadre nous conviendra parfaitement dans ce cas.

ggplot(dat, aes(x = time, group = 1)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = quantile.0.05, ymax = quantile.0.95, fill = "05%-95%"), alpha = .25) + 
  geom_ribbon(aes(ymin = quantile.0.25, ymax = quantile.0.75, fill = "25%-75%"), alpha = .25) +
  geom_line(aes(y = quantile.0.5)) +
  scale_fill_manual(name = "", values = c("25%-75%" = "red", "05%-95%" = "blue")) 

Modifier: Pour forcer une légende pour la valeur prédite

nous pouvons utiliser la même approche que nous avons utilisée pour le geom_ribbon() couches. Nous allons ajouter une esthétique geom_line() et ensuite définir les valeurs de cette esthétique avec scale_colour_manual():

ggplot(dat, aes(x = time, group = 1)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = quantile.0.05, ymax = quantile.0.95, fill = "05%-95%"), alpha = .25) + 
  geom_ribbon(aes(ymin = quantile.0.25, ymax = quantile.0.75, fill = "25%-75%"), alpha = .25) +
  geom_line(aes(y = quantile.0.5, colour = "Predicted")) +
  scale_fill_manual(name = "", values = c("25%-75%" = "red", "05%-95%" = "blue")) +
  scale_colour_manual(name = "", values = c("Predicted" = "black"))

il peut y avoir des façons plus efficaces de le faire, mais c'est la façon dont j'ai toujours utilisé et j'ai eu assez de succès avec elle. YMMV.