Création programmatique de tables Markdown dans R avec KnitR

Deux paquets qui ne ce sont flatter

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

Ou ascii

pander est une approche légèrement différente de la construction de rapports (mais peut être utile pour cette fonctionnalité).

ascii vous permettra de print avec type = 'pandoc (ou de divers autres démarque des saveurs)

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

Notez que dans ces deux cas, il est dirigé vers l'utilisation de pandoc pour convertir de markdown au type de document souhaité, mais l'utilisation de style='rmarkdown' créera des tables qui sont compatibles avec ce paquet markdown et la conversion intégrée dans rstudio.

Je voulais juste mettre à jour ceci avec ce que j'ai décidé de faire. J'utilise le paquet hwriter en ce moment pour imprimer des tables, et j'utilise les fonctionnalités row.* et col.* pour mettre des classes CSS sur différents éléments. Ensuite, j'ai écrit CSS personnalisé pour faire mon affichage comme je le voulais. Donc, voici un exemple au cas où quelqu'un d'autre a affaire à quelque chose de similaire.

Tout d'abord, créez un fichier qui fera le knitting et modifiez le Markdown en HTML:

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

Ensuite, créez la démarque réelle fichier:

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

Enfin, il suffit de créer un fichier CSS personnalisé.

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

L'exécution de ./file_knit.r me donne un fichier.html, qui ressemble à ceci:

Donc, j'espère que cela pourrait être utile à d'autres qui veulent un peu plus de formatage dans la sortie Markdown!

Il y a des fonctions dans le paquet pander:

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

Il n'est pas très difficile de faire votre propre fonction personnalisée. Voici une preuve de concept très simple pour générer une table rmarkdown d'un data.frame:

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

Dans .Document Rmd vous utiliseriez alors la fonction avec results = 'asis':

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

Le code ci-dessus vous donnerait la figure suivante (dans l'exemple, c'est la sortie pdf, mais puisque la table est dans markdwon, vous pouvez aussi tricoter en html ou word).

De là - et en lisant le code d'autres peuples-vous pouvez comprendre comment manipulez le texte pour générer la table souhaitée et créer des fonctions plus personnalisées.

Utilisez une combinaison de knitr:: kable et xtable dans votre document markdown.

library("knitr","xtable")

Pour une donnée simple.cadre -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" permet plus d'options comme légende.

Maintenant la combinaison pour résumé du modèle .

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

Pour encore plus d'options, regardez le paquet stargazer au lieu de xtable.

Exemple pour un usage personnel

Pour écrire / créer Démarque des tables dans R, vous pouvez également utiliser MarkdownReports' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() ou MarkDown_Table_writer_NamedVector() fonctions. Vous passez simplement une trame / matrice de données avec des noms de dimension, ou un vecteur avec des noms, et il analyse et écrit la table au format Markdown.