Erreur PostgreSQL: colonne am.amcanorder n'existe pas

je travaille sur un serveur basé sur la version 6.8 (finale) de CentOS sans accès sudo. J'ai compilé PostgreSQL v9.6 bêta 2.

quand je charge des données en utilisant ant, je reçois suis.la colonne amcanorder n'existe pas erreur que je ne sais pas corriger.

je suis un tutoriel pour mettre en place le système D'entreposage de données Intermine et je suis sur cette étape.

 ant -Dsource=uniprot-malaria -v

cela prendra quelques minutes à compléter, la commande exécute le étapes suivantes:

  • vérifie qu'il existe dans le projet une source portant le nom d'uniprotaria.xml
  • lit les fichiers XML Uniprotot à l'emplacement spécifié par le src.données.dir
  • appelle l'analyseur inclus dans la source uniprotect avec la liste des les fichiers, cela lit le XML original et crée des éléments qui sont les métadonnées des représentations des objets qui seront chargés dans le base de données de la malariamine.
  • ces articles sont stockés dans un base de données des articles intermédiaires. Lit à partir de les éléments de la base de données, convertit les objets à objets et les charge dans le base de données de la malariamine.

La partie en gras est ce qui (à mon avis) l'origine de l'erreur. L'erreur pertinentes verbose est:

org.postgresql.util.PSQLException: ERROR: column am.amcanorder does not exist
  Position: 407
        at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.receiveErrorResponse(QueryExecutorImpl.java:2161)
        at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.processResults(QueryExecutorImpl.java:1890)
        at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.execute(QueryExecutorImpl.java:255)
        at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.execute(AbstractJdbc2Statement.java:559)
        at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeWithFlags(AbstractJdbc2Statement.java:403)
        at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeQuery(AbstractJdbc2Statement.java:283)
        at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2DatabaseMetaData.getIndexInfo(AbstractJdbc2DatabaseMetaData.java:4234)
        at org.intermine.task.CreateIndexesTask.execute(CreateIndexesTask.java:212)
        at org.apache.tools.ant.UnknownElement.execute(UnknownElement.java:288)
25
demandé sur player87 2016-07-18 04:49:12

4 réponses

Player87 est bon, il fonctionne simplement en remplaçant la version la plus récente de 9,6* 9.5.* PostgresSQLserveur.

Mais il y a une autre solution. Pour un projet en Java, j'ai aussi essayé en laissant PostgresSQLserveur sur 9.6.* et mis à jour le pilote PostgresSQL, de la version 9.4-1203 à la plus récente 9.4-1211. Dans un pom maven.fichier xml:

<postgresql.version>9.4.1211</postgresql.version>

Qui a fonctionné pour moi aussi.

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répondu ancab 2016-10-27 12:40:19

le problème a été résolu en compilant v9.5.3, la dernière version stable en ce moment. Précédemment, j'utilisais v9.6beta2 ... qui a un a signalé l'erreur en travaillant avec JDBC & v9.6beta2.

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répondu player87 2016-07-18 03:49:37

J'ai fait face au même problème avec SpringBoot et j'ai résolu cela en mettant à jour mon pilote

Pour le Printemps de Démarrage 1.4.0 je viens d'ajouter la Dépendance suivant

<dependency> <groupId>org.postgresql</groupId> <artifactId>postgresql</artifactId> </dependency>

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répondu Naga Srinu Kapusetti 2016-12-12 07:48:02

pour moi (me connecter à PostgreSQL à partir d'une application Java/Maven et faire face à la même erreur) c'était un problème de pilote.

mise à jour du pilote PostgreSQL de 9.4-1201-jdbc41 à 42.1.4 résolu. Mon Maven dependency ressemble maintenant à ceci:

    <dependency>
        <groupId>org.postgresql</groupId>
        <artifactId>postgresql</artifactId>
        <version>42.1.4</version>
    </dependency>
4
répondu GreenTurtle 2017-09-07 10:36:20