graphique des résultats du regroupement hiérarchique ontop d'une matrice de données en python

La question n'est pas de définir matrice très bien: "matrice de valeurs", "matrice de données". Je suppose que vous voulez dire un matrice de distance . En d'autres termes, l'élément D_ij dans le N-by-N symétrique matrice de distance D indique la distance entre deux vecteurs de caractéristique, x_i et x_j. Est-ce exact?

si oui, alors essayez ceci (révisé le 13 juin 2010, pour refléter deux différents dendrogrammes):

import scipy
import pylab
import scipy.cluster.hierarchy as sch
from scipy.spatial.distance import squareform


# Generate random features and distance matrix.
x = scipy.rand(40)
D = scipy.zeros([40,40])
for i in range(40):
    for j in range(40):
        D[i,j] = abs(x[i] - x[j])

condensedD = squareform(D)

# Compute and plot first dendrogram.
fig = pylab.figure(figsize=(8,8))
ax1 = fig.add_axes([0.09,0.1,0.2,0.6])
Y = sch.linkage(condensedD, method='centroid')
Z1 = sch.dendrogram(Y, orientation='left')
ax1.set_xticks([])
ax1.set_yticks([])

# Compute and plot second dendrogram.
ax2 = fig.add_axes([0.3,0.71,0.6,0.2])
Y = sch.linkage(condensedD, method='single')
Z2 = sch.dendrogram(Y)
ax2.set_xticks([])
ax2.set_yticks([])

# Plot distance matrix.
axmatrix = fig.add_axes([0.3,0.1,0.6,0.6])
idx1 = Z1['leaves']
idx2 = Z2['leaves']
D = D[idx1,:]
D = D[:,idx2]
im = axmatrix.matshow(D, aspect='auto', origin='lower', cmap=pylab.cm.YlGnBu)
axmatrix.set_xticks([])
axmatrix.set_yticks([])

# Plot colorbar.
axcolor = fig.add_axes([0.91,0.1,0.02,0.6])
pylab.colorbar(im, cax=axcolor)
fig.show()
fig.savefig('dendrogram.png')

bonne chance! Laissez-moi savoir si vous avez besoin de plus d'aide.

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Modifier: pour différentes couleurs, ajuster l'attribut cmap dans imshow . Voir le scipy/matplotlib docs pour des exemples. Cette page décrit également comment créer votre propre colormap. Pour plus de commodité, je recommande d'utiliser un préexistante de la palette de couleurs. Dans mon exemple, j'ai utilisé YlGnBu .

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Edit: add_axes ( voir la documentation ici ) accepte une liste ou un tuple: (left, bottom, width, height) . Par exemple, (0.5,0,0.5,1) , ajoute un Axes sur la moitié droite de la figure. (0,0.5,1,0.5) , ajoute un Axes sur la moitié supérieure de la figure.

la plupart des gens utilisent probablement add_subplot pour sa commodité. J'aime add_axes pour son contrôle.

pour enlever la bordure, utilisez add_axes([left,bottom,width,height], frame_on=False) . Voir exemple ici.