Comment utiliser les DataFrames pandas et les tableaux numpy dans Rpy2?

j'aimerais utiliser pandas pour toute mon analyse avec numpy mais utiliser Rpy2 pour tracer mes données. Je veux faire toutes les analyses en utilisant des bases de données pandas et ensuite utiliser le tracé complet de R via rpy2 pour tracer ceux-ci. py2,et j'utilise ipython pour tracer. Quelle est la manière correcte de le faire?

presque toutes les commandes que j'essaie échouent. Par exemple:

• j'essaie de tracer une dispersion entre deux colonnes d'une base de données pandas df. J'aimerais que les étiquettes de df utilisé dans l'axe x/y tout comme serait utilisé si c'était une dataframe R. Est-il un moyen de faire cela? Quand j'ai essayer de le faire avec r.plot, j'obtiens ce charabia parcelle:

In: r.plot(df.a, df.b) # df is pandas DataFrame

donne:

Out: rpy2.rinterface.NULL

résultant de la parcelle:

comme vous pouvez le voir, les labels axes sont en désordre et il ne lit pas les labels axes de la DataFrame comme il devrait (l'axe X est colonne a de df et l'axe des Y est la colonne b).

• Si j'essaie de faire un histogramme avec r.hist, il ne fonctionne pas du tout, ce qui donne le message d'erreur:

  In: r.hist(df.a)
  Out: 
  ...
  vectors.pyc in <genexpr>((x,))
      293         if l < 7:
      294             s = '[' + 
  --> 295                 ', '.join((p_str(x, max_width = math.floor(52 / l)) for x in self[ : 8])) +
      296                 ']'
      297         else:
  
  vectors.pyc in p_str(x, max_width)
      287                     res = x
      288                 else:
  --> 289                     res = "%s..." % (str(x[ : (max_width - 3)]))
      290             return res
      291 
  
  TypeError: slice indices must be integers or None or have an __index__ method
  

Et résultant dans cette parcelle:

une idée de ce que signifie l'erreur? Et là encore, les haches sont toutes abîmées et jonchées de données abjectes.

EDIT: cette erreur ne se produit que lors de l'utilisation d'ipython. Quand j'exécute la commande à partir d'un script, il produit toujours l'intrigue problématique, mais au moins fonctionne sans erreur. Il doit y avoir quelque chose de mal à appeler ces commandes depuis ipython.

• j'ai aussi essayé de convertir la base de données pandas df pour la R DataFrame comme recommandé par l'affiche ci-dessous, mais qui ne parvient pas trop avec cette erreur:

  com.convert_to_r_dataframe(mydf) # mydf is a pandas DataFrame
  ----> 1 com.convert_to_r_dataframe(mydf)
  in convert_to_r_dataframe(df, strings_as_factors)
      275     # FIXME: This doesn't handle MultiIndex
      276 
  --> 277     for column in df:
      278         value = df[column]
      279         value_type = value.dtype.type
  
  TypeError: iteration over non-sequence
  

Comment puis-je obtenir ces fonctionnalités de pointage de base pour travailler sur une base de données Pandas (avec des étiquettes de les parcelles de lire sur les étiquettes des Pandas DataFrame), et également obtenir la conversion entre une Pandas DF pour un R DF de travail?

EDIT2: Voici un exemple complet d'un fichier csv ".txt" (http://pastebin.ca/2311928) et mon code pour répondre au commentaire de @ dale:

import rpy2
from rpy2.robjects import r
import rpy2.robjects.numpy2ri
import pandas.rpy.common as com
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects.lib import grid
from rpy2.robjects.lib import ggplot2
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
from numpy import *
import scipy

# load up pandas df
import pandas
data = pandas.read_table("./test.txt")
# plotting a column fails
print "data.c2: ", data.c2
r.plot(data.c2)
# Conversion and then plotting also fails
r_df = com.convert_to_r_dataframe(data)
r.plot(r_df)

l'appel à tracer la colonne de " données.c2 " échoue, même si data.c2 est une colonne d'un DF pandas et par conséquent, à toutes fins pratiques et à des fins devrait être un tableau numpy. Je utilisez le activate() appeler donc j'ai pensé qu'il pourrait gérer cette colonne comme un tableau de numpy et le tracer.

le second appel à tracer la base de données data après la conversion en une base de données r échoue également. Pourquoi est-ce? Si je charge test.txt à partir de R comme un dataframe, je suis en mesure de plot() Et comme ma base de données a été convertie de pandas en R, Il semble que cela devrait fonctionner ici aussi.

Quand je fais essayer rmagic dans ipython, il ne se déclenche pas une parcelle de la fenêtre pour une raison quelconque, bien qu'il ne fait pas d'erreur. I. e. si je fais:

In [12]: X = np.array([0,1,2,3,4])

In [13]: Y = np.array([3,5,4,6,7])
In [14]: import rpy2

In [15]: from rpy2.robjects import r

In [16]: import rpy2.robjects.numpy2ri

In [17]: import pandas.rpy.common as com

In [18]: from rpy2.robjects.packages import importr

In [19]: from rpy2.robjects.lib import grid

In [20]: from rpy2.robjects.lib import ggplot2


In [21]: rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

In [22]: from numpy import *

In [23]: import scipy

In [24]: r.assign("x", X)
Out[24]: 
<Array - Python:0x592ad88 / R:0x6110850>
[       0,        1,        2,        3,        4]

In [25]: r.assign("y", Y)
<Array - Python:0x592f5f0 / R:0x61109b8>
[       3,        5,        4,        6,        7]

In [27]: %R plot(x,y)

il n'y a pas d'erreur, mais pas de fenêtre de tracé non plus. En tout cas, j'aimerais en tenir à rpy2 et ne pas compter sur rmagic si possible.

Merci.