Comment spécifier le répertoire lib lors de l'installation de paquets de la version de développement R à partir du dépôt github
dans Ubuntu, j'installe tous les paquets R dans le répertoire,/usr/lib/R/site-library en spécifiant lib option dans install.packages().
mais quand j'essaie d'installer la version de développement des paquets R en utilisant,install_github(), il s'installe toujours dans un référentiel local de l'utilisateur du système.
.libPaths() possède 4 répertoires incluant le dépôt local. Donc, j'ai 2 questions,
Va s'installer dans l'un des 3 autres référentiels si je supprime le dépôt local de <!--4?
y a-t-il un moyen de spécifier le chemin de la bibliothèque d'installation dans
install_github()?
j'utilise Ubuntu 12.04 64bit et R 3.0.1
----------------------mise à JOUR--------------------------------
Impossible de supprimer le dépôt local de
.libPaths()si j'essaie d'installer
install_github()RStudio, il s'installe dans lelocal repositorydepuislibn'est pas spécifié.si j'essaie d'installer
install_github()utilisateur non-root, il s'installe dans lelocal repositorydepuislibn'est pas spécifié.si j'essaie d'installer
install_github()utilisateur root, il s'installe dans le/usr/local/lib/R/site-librarydepuislibn'est pas spécifié.
Est-il à préciser <!--19?
3 réponses
pour ajouter des chemins de bibliothèque spécifiés dans devtools, nous avons besoin d'utiliser with_libpaths()
Arguments pour with_libpaths() sont with_libpaths(new, code)
voici un exemple d'utilisation de with_libpaths(),
library(devtools)
with_libpaths(new = "/usr/lib/R/site-library/", install_github('rCharts', 'ramnathv'))
Courtoisie: Hadley,ici:)
Et with_libpaths(), il y a plus d'options pourdevtools::with_something()
in_dir: working directory
with_collate: collation order
with_envvar: environmental variables
with_libpaths: library paths, replacing current libpaths
with_lib: library paths, prepending to current libpaths
with_locale: any locale setting
with_options: options
with_path: PATH environment variable
with_par: graphics parameters
Plus d'explications ici
install_github prend un ... argument qui passe à devtools::install. devtools::installargs argument.
args
Un vecteur de caractères optionnel des arguments en ligne de commande supplémentaires à passer à L'installation CMD. Par défaut, la valeur de l'option "devtools.installer.args".
R CMD install prend un argument de bibliothèque
Options:
-h, --help print short help message and exit
-v, --version print INSTALL version info and exit
-c, --clean remove files created during installation
--preclean remove files created during a previous run
-d, --debug turn on debugging messages
and build a debug DLL
-l, --library=LIB install packages to library tree LIB
Donc la suivante devrait fonctionner:
devtools::install_github("repo", args = c('--library="./mypath/gdfgdg/"'))
cependant il ne fait pas semble être de remplacer l'appel à R CMD install
"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL \
"C:\Users\john\AppData\Local\Temp\RtmpucrXMD/RSelenium_1.3.2.tar.gz" \
--library="C:/Users/john/Documents/R/win-library/3.1" --install-tests \
--library="C:/Users/john/Desktop/"
C'est plus une solution de contournement, mais j'ai trouvé un moyen d'utiliser la version en ligne de commande de R.
à partir de Ubuntu:
sudo -i R
le truc (j'ai trouvé) est d'utiliser -i option
puis de R:
.libPaths()
mon répertoire R local n'apparaît pas; le répertoire par défaut est celui que je veux.
Ensuite, J' install.packages() ou install_github() en toute impunité.
espérons que ceci aide,
Ian