comment dessiner des graphiques dirigés en utilisant networkx en python?
J'ai quelques nœuds provenant d'un script que je veux mapper sur un graphique. Dans le ci-dessous, je veux utiliser Arrow pour aller de A à D et probablement avoir le bord coloré aussi (rouge ou quelque chose). C'est fondamentalement, comme un chemin de A à D Lorsque tous les autres nœuds sont présents. vous pouvez imaginer chaque nœuds comme des villes et voyager de A à D nécessite des directions (avec des têtes de flèche). Ce code ci-dessous construit le graphique
import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.Graph()
G.add_edges_from(
[('A', 'B'), ('A', 'C'), ('D', 'B'), ('E', 'C'), ('E', 'F'),
('B', 'H'), ('B', 'G'), ('B', 'F'), ('C', 'G')])
val_map = {'A': 1.0,
'D': 0.5714285714285714,
'H': 0.0}
values = [val_map.get(node, 0.25) for node in G.nodes()]
nx.draw(G, cmap = plt.get_cmap('jet'), node_color = values)
plt.show()
Mais je veux quelque chose comme montré dans le image.
Têtes de flèche de la première image et les bords en couleur rouge sur la seconde image..Merci
5 réponses
Exemple entièrement étoffé avec des flèches pour seulement les bords rouges:
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()
G.add_edges_from(
[('A', 'B'), ('A', 'C'), ('D', 'B'), ('E', 'C'), ('E', 'F'),
('B', 'H'), ('B', 'G'), ('B', 'F'), ('C', 'G')])
val_map = {'A': 1.0,
'D': 0.5714285714285714,
'H': 0.0}
values = [val_map.get(node, 0.25) for node in G.nodes()]
# Specify the edges you want here
red_edges = [('A', 'C'), ('E', 'C')]
edge_colours = ['black' if not edge in red_edges else 'red'
for edge in G.edges()]
black_edges = [edge for edge in G.edges() if edge not in red_edges]
# Need to create a layout when doing
# separate calls to draw nodes and edges
pos = nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, cmap=plt.get_cmap('jet'),
node_color = values, node_size = 500)
nx.draw_networkx_labels(G, pos)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=red_edges, edge_color='r', arrows=True)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=black_edges, arrows=False)
plt.show()
Je ne l'ai mis que pour être complet. J'ai beaucoup appris de marius et mdml. Voici les poids de bord. Désolé pour les flèches. On dirait que je ne suis pas le seul à dire que ça ne peut pas être aidé. Je ne pouvais pas rendre cela avec IPython notebook j'ai dû aller directement de python qui était le problème avec l'obtention de mes poids de bord plus tôt.
import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import pylab
G = nx.DiGraph()
G.add_edges_from([('A', 'B'),('C','D'),('G','D')], weight=1)
G.add_edges_from([('D','A'),('D','E'),('B','D'),('D','E')], weight=2)
G.add_edges_from([('B','C'),('E','F')], weight=3)
G.add_edges_from([('C','F')], weight=4)
val_map = {'A': 1.0,
'D': 0.5714285714285714,
'H': 0.0}
values = [val_map.get(node, 0.45) for node in G.nodes()]
edge_labels=dict([((u,v,),d['weight'])
for u,v,d in G.edges(data=True)])
red_edges = [('C','D'),('D','A')]
edge_colors = ['black' if not edge in red_edges else 'red' for edge in G.edges()]
pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_edge_labels(G,pos,edge_labels=edge_labels)
nx.draw(G,pos, node_color = values, node_size=1500,edge_color=edge_colors,edge_cmap=plt.cm.Reds)
pylab.show()
Vous devez utiliser un graphe orienté au lieu d'un graphe, c'est à dire
G = nx.DiGraph()
Ensuite, créez une liste des couleurs de bord que vous souhaitez utiliser et transmettez-les à nx.draw (comme indiqué par @ Marius).
Mettre tout cela ensemble, je reçois l'image ci-dessous. Toujours pas tout à fait l'autre image que vous montrez (Je ne sais pas d'où viennent vos poids de bord), mais beaucoup plus proche! Si vous voulez plus de contrôle de l'apparence de votre graphique de sortie (par exemple, obtenir des pointes de flèches qui ressemblent à des flèches) ,je vérifierais NetworkX avec Graphviz .
Au lieu de NX normal.dessiner vous pouvez utiliser:
nx.draw_networkx(G[, pos, arrows, with_labels])
Par exemple:
nx.draw_networkx(G, arrows=True, **options)
Vous pouvez ajouter des options en initialisant cette variable * * comme ceci:
options = {
'node_color': 'blue',
'node_size': 100,
'width': 3,
'arrowstyle': '-|>',
'arrowsize': 12,
}
Aussi certaines fonctions prennent en charge le directed=True parameter
Dans ce cas, cet état est celui par défaut:
G = nx.DiGraph(directed=True)
La référence networkx se trouve ici .
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
g = nx.DiGraph()
g.add_nodes_from([1,2,3,4,5])
g.add_edge(1,2)
g.add_edge(4,2)
g.add_edge(3,5)
g.add_edge(2,3)
g.add_edge(5,4)
nx.draw(g,with_labels=True)
plt.draw()
plt.show()
C'est juste simple comment dessiner un graphique dirigé en utilisant python 3.X utilisation de networkx. juste une représentation simple et peut être modifiée et colorée, etc. Voir le graphique généré ici.
Note: c'est juste une représentation simple. Les bords pondérés peuvent être ajoutés comme
g.add_edges_from([(1,2),(2,5)], weight=2)
Et donc tracé à nouveau.