Comment changer le nom des étiquettes, l'ordre et la couleur du boxplot à l'aide de R ggplot?
j'ai un dossier contenant des fichiers csv, chacun avec deux colonnes de données par exemple:
0,red
15.657,red
0,red
0,red
4.429,red
687.172,green
136.758,green
15.189,red
0.152,red
23.539,red
0.348,red
0.17,blue
0.171,red
0,red
61.543,green
0.624,blue
0.259,red
338.714,green
787.223,green
1.511,red
0.422,red
9.08,orange
7.358,orange
25.848,orange
29.28,orange
j'utilise le code R suivant pour générer les boxplots:
files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE)
files.len<-length(files)
col_headings<-c("RPKM", "Lineage")
for (i in files){
i2<-paste(i,"png", sep=".")
boxplots<-read.csv(i, header=FALSE)
names(boxplots)<-col_headings
png(i2)
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage)))
print(bplot)
graphics.off()
}
maintenant je veux changer la couleur des boxplots pour correspondre à leurs étiquettes de couleur X-axis correspondantes. J'ai aussi envie de changer les noms des abscisses, et aussi de leur ordre. Est-il un moyen de faire cela en utilisant ggplot ou qplot?
2 réponses
en vous basant sur la réponse de @shadow, voici comment vous pouvez modifier manuellement les étiquettes x-axis. J'ai aussi apporté quelques modifications qui améliorent l'apparence du graphique et de la légende:
colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue")
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) +
geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) +
geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) +
scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
limits=colorder,
values=colorder,
labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"),
name="Group") +
scale_fill_manual(breaks=colorder, # fill scale (for boxes)
limits=colorder,
values=colorder,
labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")
name="Group") +
scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) +
theme_bw()
ajouter le labels option scale_x_discrete la couche du Graphe vous permet de changer les étiquettes des axes. L'ajout d' labelsscale_fill_manual et scale_color_manual permet de changer les étiquettes de légende. L'ajout d' name aux deux permet de changer le titre de la légende. Enfin, j'ai ajouté theme_bw() à la parcelle pour rendre le fond blanc et ajouter une bordure autour de la parcelle. Espérons que ça aide!
Oui, vous pouvez le faire. Utilisez scale_color_manual,scale_fill_manual et scale_x_discrete comme suit:
# specify colors and order
colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue")
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) +
geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) +
geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) +
scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
limits=colorder,
values=colorder) +
scale_fill_manual(breaks=colorder, # fill scale (for boxes)
limits=colorder,
values=colorder) +
scale_x_discrete(limits=colorder) # order of x-axis