Création d'une matrice symétrique dans R
J'ai une matrice R qui est censé être symétrique, toutefois, en raison de la précision machine la matrice n'est jamais symétrique (les valeurs diffèrent d'environ 10^-16). Car je sais que la matrice est symétrique, je l'ai fait jusqu'à présent pour contourner le problème:
s.diag = diag(s)
s[lower.tri(s,diag=T)] = 0
s = s + t(s) + diag(s.diag,S)
Y a-t-il une meilleure commande d'une ligne pour cela?
4 réponses
La solution de contournement est-elle vraiment nécessaire si les valeurs ne diffèrent que par autant?
Quelqu'un a fait remarquer que ma réponse précédente était fausse. J'aime mieux certains des autres, mais comme je ne peux pas supprimer celui-ci (accepté par un utilisateur qui est parti), voici encore une autre solution en utilisant le paquet micEcon:
symMatrix(s[upper.tri(s, TRUE)], nrow=nrow(s), byrow=TRUE)
Vous pouvez forcer la matrice à être symétrique en utilisant la fonction forceSymmetric dans le paquet Matrix dans R:
library(Matrix)
x<-Matrix(rnorm(9), 3)
> x
3 x 3 Matrix of class "dgeMatrix"
[,1] [,2] [,3]
[1,] -1.3484514 -0.4460452 -0.2828216
[2,] 0.7076883 -1.0411563 0.4324291
[3,] -0.4108909 -0.3292247 -0.3076071
A <- forceSymmetric(x)
> A
3 x 3 Matrix of class "dsyMatrix"
[,1] [,2] [,3]
[1,] -1.3484514 -0.4460452 -0.2828216
[2,] -0.4460452 -1.0411563 0.4324291
[3,] -0.2828216 0.4324291 -0.3076071
s<-matrix(1:25,5)
pmean <- function(x,y) (x+y)/2
s[] <- pmean(s, matrix(s, nrow(s), byrow=TRUE))
s
#-------
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 4 7 10 13
[2,] 4 7 10 13 16
[3,] 7 10 13 16 19
[4,] 10 13 16 19 22
[5,] 13 16 19 22 25