conda-comment installer des paquets R qui ne sont pas disponibles dans "R-essentials"?

j'utilise une installation Anaconda pour travailler avec Python. Maintenant j'ai lu qu'il est possible d ' "inclure" également le monde R dans cette installation et d'utiliser le noyau IR dans le carnet Jupyter/Ipython.

j'ai trouvé la commande pour installer un certain nombre de paquets R célèbres: conda install-C r R-essentials

Ma question de débutant:

comment installer des paquets qui ne sont pas inclus dans le R-essential package? Par exemple, les paquets R qui sont disponibles sur CRAN. "pip" ne fonctionne que pour les paquets PyPI Python, n'est-ce pas?

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demandé sur Frank 2016-01-10 16:25:32

9 réponses

Maintenant que j'ai trouvé de la documentation:

c'est la documentation qui explique comment générer des paquets R qui ne sont disponibles que dans le dépôt CRAN: https://www.continuum.io/content/conda-data-science

allez à la section "construire un package de commandes".

(Conseil: aussi longtemps que le paquet R est disponible sous anaconda.org utilisez cette ressource. Voir ici: https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r)

alistaire's réponse est une autre possibilité d'ajouter des packages R:

si vous installez des paquets depuis L'intérieur de R via leinstall.packages (à partir de CRAN miroirs), ou

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répondu rojour 2017-11-23 23:33:07

Installer rpy2 avec conda et ajouter la ligne suivante dans votre carnet Jupyter.

%load_ext rpy2.ipython

dans les prochains morceaux, vous pouvez simplement exécuter n'importe quel code r en spécifiant %R

ci-dessous est ma méthode préférée pour installer et/ou charger le paquet r

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

p_load argument installer + charge le paquet si il n'est pas dans votre lib sinon il va simplement le charger.

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répondu Pranav Pandya 2017-12-22 19:09:28

L'ajouter ici pour que les autres débutants travaillant déjà avec les notebooks Jupyter avec Python et intéressés à l'utiliser avec R: Les paquets supplémentaires disponibles pour Anaconda puissent être installés via le terminal en utilisant la même commande que celle utilisée pour installer les paquets essentiels.

Installer r-essentials

conda install -c r r-essentials

installer microbenchmark (infrastructure pour mesurer et comparer avec précision le temps d'exécution des expressions R)

conda install -c r r-microbenchmark
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répondu A. Beal 2018-08-10 15:08:55

j'ai essayé d'installer des paquets R ggplot2, tidyverse, etc en utilisant des dépôts de CRAN en ligne de commande standard et j'ai rencontré de nombreux problèmes.

tout de inutilisable " init.tcl" fichiers d'une chaîne de quinze erreurs de caractères. J'ai pu utiliser L'installation de Conda et WWW.Anaconda.org site pour plus de détails. Ceci a installé des paquets R dans l'architecture du répertoire Anaconda qui étaient exécutables dans R dans le terminal, RStudio et l'environnement R dans les Notebooks Jupyter de la Anaconda Navigator.

par exemple: conda install -c r r-tidyverse Très facile et a travaillé la première fois.

[On Kubuntu 17.04 with Anaconda Navigator 1.6.2; R version 3.3.2 (2016-10-31)]

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répondu fab_rat 2017-07-28 17:33:09