Vérifier les paquets installés avant d'exécuter l'installation.les packages() [en double]

c'est une fonction que j'ai souvent utilisée pour vérifier un paquet, l'installer autrement et le charger à nouveau:

pkgTest <- function(x)
  {
    if (!require(x,character.only = TRUE))
    {
      install.packages(x,dep=TRUE)
        if(!require(x,character.only = TRUE)) stop("Package not found")
    }
  }

fonctionne comme pkgTest("xtable") . Cela ne fonctionne que si le miroir est réglé, mais vous pouvez entrer cela dans les appels require .

Si vous voulez le faire aussi simplement que possible:

packages <- c("ggplot2", "dplyr", "Hmisc", "lme4", "arm", "lattice", "lavaan")
if (length(setdiff(packages, rownames(installed.packages()))) > 0) {
  install.packages(setdiff(packages, rownames(installed.packages())))  
}

remplacer les paquets listés sur la première ligne par ceux nécessaires pour exécuter votre code, et voilà!

il y a aussi le paquet CRAN pacman qui a la fonction p_load pour installer un ou plusieurs paquets (mais seulement si nécessaire) et ensuite les charger.

# Function to check whether package is installed
  is.installed <- function(mypkg){
    is.element(mypkg, installed.packages()[,1])
  } 

  # check if package "hydroGOF" is installed
  if (!is.installed("hydroGOF")){
    install.packages("hydroGOF")
  }

j'ai trouvé un script packages quelque part que j'ai toujours mis dans chaque script pour charger mes bibliothèques. Il s'occupera de toutes les opérations de votre bibliothèque (Téléchargement, Installation et chargement), et seulement en cas de besoin.

# Install function for packages    
packages<-function(x){
  x<-as.character(match.call()[[2]])
  if (!require(x,character.only=TRUE)){
    install.packages(pkgs=x,repos="http://cran.r-project.org")
    require(x,character.only=TRUE)
  }
}
packages(ggplot2)
packages(reshape2)
packages(plyr)
# etc etc

je suggère une solution plus légère en utilisant system.file .

is_inst <- function(pkg) {
    nzchar(system.file(package = pkg))
}

is_inst2 <- function(pkg) {
    pkg %in% rownames(installed.packages())
}

library(microbenchmark)
microbenchmark(is_inst("aaa"), is_inst2("aaa"))
## Unit: microseconds
##            expr      min        lq       mean    median       uq       max neval
##  is_inst("aaa")   22.284   24.6335   42.84806   34.6815   47.566   252.568   100
## is_inst2("aaa") 1099.334 1220.5510 1778.57019 1401.5095 1829.973 17653.148   100
microbenchmark(is_inst("ggplot2"), is_inst2("ggplot2"))
## Unit: microseconds
##                expr      min       lq     mean   median       uq      max neval
##  is_inst("ggplot2")  336.845  386.660  459.243  431.710  483.474  867.637   100
## is_inst2("ggplot2") 1144.613 1276.847 1507.355 1410.054 1656.557 2747.508   100

requiredPackages = c('plyr','ggplot2','ggtern')
for(p in requiredPackages){
  if(!require(p,character.only = TRUE)) install.packages(p)
  library(p,character.only = TRUE)
}

j'ai implémenté la fonction pour installer et charger les paquets R requis en silence. L'espoir peut vous aider. Voici le code:

# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];

    if(length(Remaining_Packages)) 
    {
        install.packages(Remaining_Packages);
    }
    for(package_name in Required_Packages)
    {
        library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
    }
}

# Specify the list of required packages to be installed and load    
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");

# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);

ou un exemple massivement surcrassé de drknexus/repsych sur github, glibrary . Il ya presque certainement plus efficace et de meilleures façons de le faire, mais je l'ai programmé il ya longTemps et il fonctionne essentiellement.

• cela fonctionne même si un repo n'a pas été sélectionné en prenant l'option cloud par défaut si disponible. Si vous êtes sur une ancienne version de R Il va se retourner et choisir un miroir basé sur le code du pays.
• Il essaie de charger la bibliothèque (cette étape peut être rendue plus efficace en utilisant certaines des méthodes ci-dessus)
  • S'il échoue, il essaiera de l'installer
  • si l'installation échoue, il vous indiquera quels paquets n'ont pas été installés
• C'est EXACT, les paquets, plusieurs paquets peuvent être chargés/installés en un seul passage avec leurs dépendances (au moins Habituellement, il peut y avoir un bug ici).

par exemple: glibrary(xtable,sos,data.table) mais je ne pense pas qu'il va paniquer si vous appelez glibrary("xtable","sos","data.table") à la place. Pousse/tire/fourches de bienvenue.

Code pour la fonction:

#' Try to load a library, if that fails, install it, then load it.
#'
#' glibrary short for (get)library.
#' The primary aim of this function is to make loading packages more transparent.  Given that we know we want to load a given package, actually fetching it is a formality.  glibrary skims past this formality to install the requested package.
#'
#' @export
#' @param ... comma seperated package names
#' @param lib.loc See \code{\link{require}}
#' @param quietly See \code{\link{require}}
#' @param warn.conflicts See \code{\link{require}}
#' @param pickmirror If TRUE, glibrary allows the user to select the mirror, otherwise it auto-selects on the basis of the country code
#' @param countrycode This option is ignored and the first mirror with the substring "Cloud", e.g. the RStudio cloud, is selected.  If no mirrors with that substring are identified, glibrary compares this value to results from getCRANmirrors() to select a mirror in the specified country.
#' @return logical; TRUE if glibrary was a success, an error if a package failed to load
#' @note keep.source was an arguement to require that was deprecated in R 2.15
#' @note This warning \code{Warning in install.packages: InternetOpenUrl failed: 'The operation timed out'} indicates that the randomly selected repository is not available.  Check your internet connection.  If your internet connection is fine, set pickmirror=TRUE and manually select an operational mirror.
#' @examples
#' #glibrary(lattice,MASS) #not run to prevent needless dependency
glibrary <- function(..., lib.loc = NULL, quietly = FALSE, warn.conflicts = TRUE, pickmirror = FALSE, countrycode = "us") {
  warningHandle <- function(w) {
    if (grepl("there is no package called",w$message,fixed=TRUE)) {
      return(FALSE) #not-loadable
    } else {
      return(TRUE) #loadable
    }
  }

  character.only <- TRUE  #this value is locked to TRUE so that the function passes the character value to require and not the variable name thislib
  librarynames <- unlist(lapply(as.list(substitute(.(...)))[-1],as.character))
  #if package already loaded, remove it from librarynames before processing further
  si.res <- sessionInfo()
  cur.loaded <- c(si.res$basePkgs,names(si.res$otherPkgs)) #removed names(si.res$loadedOnly) because those are loaded, but not attached, so glibrary does need to handle them.
  librarynames <- librarynames[librarynames %!in% cur.loaded]
  success <- vector("logical", length(librarynames))
  if (length(success)==0) {return(invisible(TRUE))} #everything already loaded, end.

  alreadyInstalled <- installed.packages()[,"Package"]
  needToInstall <- !librarynames %in% alreadyInstalled

  if (any(needToInstall)) {
    if (pickmirror) {chooseCRANmirror()}
    if (getOption("repos")[["CRAN"]] == "@CRAN@") {
      #Select the first "Cloud" if available
      m <- getCRANmirrors(all = FALSE, local.only = FALSE)
      URL <- m[grepl("Cloud",m$Name),"URL"][1] #get the first repos with "cloud" in the name
      if (is.na(URL)) { #if we did not find the cloud,
        #Fall back and use the previous method
        message("\nIn repsych:glibrary:  Now randomly selecting a CRAN mirror. You may reselect your CRAN mirror with chooseCRANmirror().\n")
        #if there is no repository set pick a random one by country code
        getCRANmirrors.res <- getCRANmirrors()
        foundone <- FALSE  #have we found a CRAN mirror yet?
        #is it a valid country code?
        if (!countrycode %in% getCRANmirrors.res$CountryCode) {
          stop("In repsych::glibrary:  Invalid countrycode argument")
        }
        ticker <- 0
        while (!foundone) {
          ticker <- ticker + 1
          URL <- getCRANmirrors.res$URL[sample(grep(countrycode, getCRANmirrors.res$CountryCode), 1)]
          host.list <- strsplit(URL, "/")
          host.clean <- unlist(lapply(host.list, FUN = function(x) {return(x[3])}))
          #make sure we can actually access the package list
          if (nrow(available.packages(contrib.url(URL)))!=0) {foundone <- TRUE}        
          if (ticker > 5) {stop("In repsych::glibrary:  Unable to access valid repository.  Is the internet connection working?")}
        } #end while
      } #end else
      repos <- getOption("repos")
      repos["CRAN"] <- gsub("/$", "", URL[1L])
      options(repos = repos)
    } #done setting CRAN mirror
    #installing packages
    installResults <- sapply(librarynames[needToInstall],install.packages)
    #checking for successful install
    needToInstall <- !librarynames %in% installed.packages()[,"Package"]
    if (any(needToInstall)) {
      stop(paste("In repsych::glibrary: Could not download and/or install: ",paste(librarynames[needToInstall],collapse=", "),"... glibrary stopped.",sep=""))
    } # done reporting any failure to install
  } #done if any needed to install

  #message("In repsych::glibrary:  Attempting to load requested packages...\n")
  #success <- tryCatch(
  success <- sapply(librarynames,require, lib.loc = lib.loc, quietly = FALSE, warn.conflicts = warn.conflicts, character.only = TRUE)
  #, warning=warningHandle) #end tryCatch
  if(length(success) != length(librarynames)) {stop("A package failed to return a success in glibrary.")}


  if (all(success)) {
    #message("In repsych::glibrary:  Success!")
    return(invisible(TRUE))
  } else {
    stop(paste("\nIn repsych::glibrary, unable to load: ", paste(librarynames[!success]), 
               collapse = " "))
  }
  stop("A problem occured in glibrary") #shouldn't get this far down, all returns should be made.
}
NULL

la solution que j'ai utilisée dérivait de L'entrée de Sacha Epskamp et Shuguang. Voici la fonction:

instalaPacotes <- function(pacote) {
  if (!pacote %in% installed.packages()) install.packages(pacote)
}

cela fonctionne en silence, ne faisant écho à rien si le paquet" pacote " est déjà installé et l'installer autrement. N'oubliez pas d'écrire le nom du paquet entre guillemets!

Que Diriez-vous d'essayer ça?

#will install the pROC library if you don't have it
if(!is.element('pROC', installed.packages()[,1]))
  {install.packages('pROC')
}else {print("pROC library already installed")}

Pourquoi ne pas simplement supprimer la ligne du script? Si l'utilisateur final n'a pas l'intelligence d'installer xtable comme nécessaire, vous avez de plus gros problèmes :-( . Cela dit, vérifiez installed.packages()

Edit: dang, Ninja'd d'une minute!

modifier: une suggestion générale: charger le paquet sos , et vous trouverez très facile d'obtenir des réponses à beaucoup de "est-il une fonction qui fait des questions XXXXX".

ça devrait le faire. Vous pouvez faire required.packages un vecteur si vous avez besoin de vérifier pour plus d'un.

required.packages <- "data.table"
new.packages <- required.packages[!(required.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)

en lisant les réponses de tout le monde, j'ai pris quelques indices ici et là et j'ai créé le mien. En fait très similaire à la plupart des cependant.

## These codes are used for installing packages
# function for installing needed packages
installpkg <- function(x){
    if(x %in% rownames(installed.packages())==FALSE) {
        if(x %in% rownames(available.packages())==FALSE) {
            paste(x,"is not a valid package - please check again...")
        } else {
            install.packages(x)           
        }

    } else {
        paste(x,"package already installed...")
    }
}

# install necessary packages
required_packages  <- c("sqldf","car")
lapply(required_packages,installpkg)

a regardé mon ancienne fonction, l'a mise à jour en utilisant les conseils ci-dessus et c'est ce que j'ai obtenu.

# VERSION 1.0
assign("installP", function(pckgs){
    ins <- function(pckg, mc){
        add <- paste(c(" ", rep("-", mc+1-nchar(pckg)), " "), collapse = "");
        if( !require(pckg,character.only=TRUE) ){
            reps <- c("http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN","http://cran.uk.R-project.org");
            for (r in reps) try(utils::install.packages(pckg, repos=r), silent=TRUE);
            if(!require(pckg,character.only = TRUE)){   cat("Package: ",pckg,add,"not found.\n",sep="");
            }else{                                      cat("Package: ",pckg,add,"installed.\n",sep="");}
        }else{                                          cat("Package: ",pckg,add,"is loaded.\n",sep=""); } }
    invisible(suppressMessages(suppressWarnings(lapply(pckgs,ins, mc=max(nchar(pckgs)))))); cat("\n"); 
}, envir=as.environment("dg_base"))

installP(c("base","a","TFX"))
Package: base ------------------- is loaded.
Package: a ---------------------- not found.
Package: TFX -------------------- installed.