Ajouter des barres d'erreur pour afficher l'écart-type sur une placette en R
Pour chaque X-valeur, j'ai calculé la moyenne Yla valeur de l'écart-type (sd) de chaque valeur Y
x = 1:5
y = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
sd = c(0.1, 0.3, 0.2, 0.2, 0.4)
plot (x, y)
Comment puis-je utiliser l'écart-type pour ajouter des barres d'erreur pour chaque point de données de mon terrain?
5 réponses
un problème avec la solution csgillespie apparaît, lorsque vous avez un axe X logarithmique. Vous aurez une longueur différente des petites barres à droite et à gauche (l'epsilon suit les valeurs x).
vous devriez mieux utiliser le errbar fonction de Hmisc package:
d = data.frame(
x = c(1:5)
, y = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
, sd = c(0.2, 0.3, 0.2, 0.0, 0.4)
)
##install.packages("Hmisc", dependencies=T)
library("Hmisc")
# add error bars (without adjusting yrange)
plot(d$x, d$y, type="n")
with (
data = d
, expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=T, pch=1, cap=.1)
)
# new plot (adjusts Yrange automatically)
with (
data = d
, expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=F, pch=1, cap=.015, log="x")
)
Une solution avec ggplot2:
qplot(x,y)+geom_errorbar(aes(x=x, ymin=y-sd, ymax=y+sd), width=0.25)
plot (x, y, ylim=c(0,6))
segments(x,y-sd,x,y+sd)
epsilon <- 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)
Vous pouvez utiliser segments pour ajouter les barres dans les graphiques de base. Ici epsilon contrôle la ligne en haut et en bas de la ligne.
plot (x, y, ylim=c(0, 6))
epsilon = 0.02
for(i in 1:5) {
up = y[i] + sd[i]
low = y[i] - sd[i]
segments(x[i],low , x[i], up)
segments(x[i]-epsilon, up , x[i]+epsilon, up)
segments(x[i]-epsilon, low , x[i]+epsilon, low)
}
comme @thelatemail le souligne, j'aurais vraiment dû utiliser des appels de fonction vectorisés:
segments(x, y-sd,x, y+sd)
epsilon = 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)
Vous pouvez utiliser arrows:
arrows(x,y-sd,x,y+sd, code=3, length=0.02, angle = 90)