Graphique de surface en 3d avec coordonnées xyz

je pense avoir trouvé une solution possible en utilisant le paquet alphashape3d . J'ai dû jouer un peu pour obtenir une valeur acceptable pour alpha , qui est liée aux distances dans l'ensemble de données donné (par exemple sd de bunny m'a donné un aperçu). Je suis toujours en train d'essayer de trouver comment mieux contrôler la largeur des lignes dans les sommets et les bords afin de ne pas dominer la parcelle, mais cela est probablement lié aux paramètres dans rgl .

Exemple:

library(onion)
library(rgl)
library(geometry)
library(alphashape3d)

data(bunny)
apply(bunny,2,sd)
alphabunny <- ashape3d(bunny, alpha = 0.003)
bg3d(1)
plot.ashape3d(alphabunny, col=c(5,5,5), lwd=0.001, size=0, transparency=rep(0.5,3), indexAlpha = "all")

Edit:

ce N'est qu'en ajustant la fonction plot.ashape3d que j'ai pu enlever les arêtes et les sommets:

plot.ashape3d.2 <- function (x, clear = TRUE, col = c(2, 2, 2), byComponents = FALSE, 
                             indexAlpha = 1, transparency = 1, walpha = FALSE, ...) 
{
  as3d <- x
  triangles <- as3d$triang
  edges <- as3d$edge
  vertex <- as3d$vertex
  x <- as3d$x
  if (class(indexAlpha) == "character") 
    if (indexAlpha == "ALL" | indexAlpha == "all") 
      indexAlpha = 1:length(as3d$alpha)
  if (any(indexAlpha > length(as3d$alpha)) | any(indexAlpha <= 
                                                   0)) {
    if (max(indexAlpha) > length(as3d$alpha)) 
      error = max(indexAlpha)
    else error = min(indexAlpha)
    stop(paste("indexAlpha out of bound : valid range = 1:", 
               length(as3d$alpha), ", problematic value = ", error, 
               sep = ""), call. = TRUE)
  }
  if (clear) {
    rgl.clear()
  }
  if (byComponents) {
    components = components_ashape3d(as3d, indexAlpha)
    if (length(indexAlpha) == 1) 
      components = list(components)
    indexComponents = 0
    for (iAlpha in indexAlpha) {
      if (iAlpha != indexAlpha[1]) 
        rgl.open()
      if (walpha) 
        title3d(main = paste("alpha =", as3d$alpha[iAlpha]))
      cat("Device ", rgl.cur(), " : alpha = ", as3d$alpha[iAlpha], 
          "\n")
      indexComponents = indexComponents + 1
      components[[indexComponents]][components[[indexComponents]] == 
                                      -1] = 0
      colors = c("#000000", sample(rainbow(max(components[[indexComponents]]))))
      tr <- t(triangles[triangles[, 8 + iAlpha] == 2 | 
                          triangles[, 8 + iAlpha] == 3, c("tr1", "tr2", 
                                                          "tr3")])
      if (length(tr) != 0) 
        rgl.triangles(x[tr, 1], x[tr, 2], x[tr, 3], col = colors[1 + 
                                                                   components[[indexComponents]][tr]], alpha = transparency, 
                      ...)
    }
  }
  else {
    for (iAlpha in indexAlpha) {
      if (iAlpha != indexAlpha[1]) 
        rgl.open()
      if (walpha) 
        title3d(main = paste("alpha =", as3d$alpha[iAlpha]))
      cat("Device ", rgl.cur(), " : alpha = ", as3d$alpha[iAlpha], 
          "\n")
      tr <- t(triangles[triangles[, 8 + iAlpha] == 2 | 
                          triangles[, 8 + iAlpha] == 3, c("tr1", "tr2", 
                                                          "tr3")])
      if (length(tr) != 0) 
        rgl.triangles(x[tr, 1], x[tr, 2], x[tr, 3], col = col[1], 
                      , alpha = transparency, ...)
    }
  }
}

alphabunny <- ashape3d(bunny, alpha = c(0.003))
plot.ashape3d.2(alphabunny, col=5, indexAlpha = "all", transparency=1)
bg3d(1)

le paquet Rvcg mis à jour à la version 0.14 en juillet 2016, et la reconstruction de surface à rotule a été ajoutée. La fonction est vcgBallPivoting :

library(Rvcg) # needs to be >= version 0.14
library(rgl)
library(onion); data(bunny)

# default parameters
bunnybp <- vcgBallPivoting(bunny, radius = 0.0022, clustering = 0.2, angle = pi/2)
shade3d(bunnybp, col = rainbow(1000), specular = "black")
shade3d(bunnybp, col = "pink", specular = "black") # easier to see problem areas.

le pivotement de la bille et les paramètres par défaut ne sont pas parfaits pour le lapin de Stanford (comme noté par cuttlefish44 dans les commentaires radius = 0.0022 does mieux que la valeur par défaut radius = 0 ), et vous êtes laissé avec quelques lacunes dans la surface. Le lapin actuel a 2 trous dans la base et quelques limitations de balayage contribuent à quelques autres trous (comme mentionné ici: https://graphics.stanford.edu/software/scanview/models/bunny.html ). Vous pouvez trouver de meilleurs paramètres, et il est assez rapide d'utiliser vcgBallPivoting (~0.5 secondes sur ma machine), mais des efforts / méthodes supplémentaires peuvent être nécessaires pour fermer les trous.